Музей назван в честь Гийома Дюпюитрена — французского хирурга, профессора медицины Парижского университета, завещавшего часть своего имущества кафедре и музею патологической анатомии.

В музее представлено более 6000 объектов, в том числе множество скелетов, сотни банок с заспиртованными эмбрионами.

Развитие медицины неоднозначно сказалось на значимости музея. С одной стороны, появление микробиологии, иммунологии, и общее развитие медицинской науки сделало устаревшими методы, основанные на внешнем наблюдении плода. Одновременно, это же практически привело к исчезновению целого ряда патологий: в настоящее время медики редко доводят до родов эмбрионы с патологиями развития, редкое исключение — сиамские близнецы, которых иногда удаётся спасти. С этой точки зрения музей представляет огромный исторический и академический интерес.

Будущее музея неясно. Финансирование его факультетом медицины Парижского университета прекращено, денег от посетителей не хватает не только на расширение, но даже на поддержание коллекции. В музее нет даже каталога экспонатов, многие экспонаты выставлены без этикеток, потерявшихся во время многочисленных переездов.