Музей был основан в 1889 году. Во время Второй мировой войны экспозиция была полностью разграблена оккупантами, однако музей вновь открылся в 1973 году во многом благодаря возвращению многих исторических документов из архивов КГБ СССР, где они оказались после разгрома Германии.

Сегодня музей представляет историю французского масонства в его документах и символике. Примерно 10000 экспонатов на постоянной выставочной площади 8000 кв.м, около 23000 в запасниках предназначенных для временных тематических выставок. Среди исторически важных экспонатов — масонский передник Вольтера и масонский меч Лафайета.

В настоящее время закрыт для размещения новой экспозиции ориентировочно до середины 2009 года. Тем не менее, музей продолжает свою культурную деятельность, организуя посещения для групп по предварительным заявкам.